З початком збройного конфлікту на території України органи досудового розслідування отримали найбільший виклик у своїй роботі. Саме вони відповідальні за швидке реагування на факти вчинення кримінальних правопорушень, безпосередню роботу на місцях вчинення злочинів та проведення досудового розслідування. Натомість в органів прокуратури зберігається враження, що положення Кримінального процесуального кодексу України, який було прийнято у 2012 році, зменшили обсяг відповідальності покладеної на слідчих за якість та результати власної роботи, переклавши її на процесуальних керівників. Але, з іншого боку, підходи КПК України приділяють більше ролі якісній взаємодії між органами досудового розслідування та органами прокуратури, створюючи залежність результату у кримінальному провадженні від ефективної координації між ними.
Відповідно до статті 38 КПК України досудове розслідування здійснюють: слідчі підрозділи органів Національної поліції, органів безпеки, органів Державного бюро розслідувань; підрозділ детективів, підрозділ внутрішнього контролю Національного антикорупційного бюро України; підрозділи детективів органів Бюро економічної безпеки України[302]. Загальні правила підслідності цих органів щодо найтяжчих міжнародних злочинів, визначені у попередньому розділі[303].
Попри значні виклики після 2014 року для правоохоронних органів, які вимагали інших підходів у роботі, спеціалізація органів досудового розслідування з наслідків збройного конфлікту почала формуватись лише у 2021 році. На рівні Офісу Генерального прокурора, Національної поліції України та Служби безпеки України було вирішено створити окремі слідчі підрозділи щодо роботи зі злочинами, вчиненими в умовах збройного конфлікту, на рівні головних слідчих управлінь, а також територіальних органів у Донецькій та Луганській областях[304]. Проте вже після 24 лютого 2022 року таке рішення стало неактуальним. Наслідки війни фіксувались у різних регіонах України, тому масштаби подій вимагали поширення спеціалізації слідчих органів і в інших областях. Окремі слідчі органи надалі ухвалили рішення про запровадження спеціалізації на рівні інших областей, а інші не можуть собі дозволити такий підхід через особливості внутрішньої структури та нестачу кадрів. Але навіть на фоні прийнятих рішень важливим кроком має бути закріплення пріоритету дослідження фактів найтяжчих міжнародних злочинів для органів досудового розслідування. Загальний масив проваджень, які знаходяться у їхній підслідності, тривалість розслідування та низька перспектива реальних процесів проти затриманих обвинувачених призводить до того, що, зокрема, факти порушень законів та звичаїв війни відходять на другий план у їх роботі.
